故事介紹：
故事以武藤遊戲所在時代數十年後的童實野市為舞臺。當時的童實野市，搖身一變成了「新童實野市」，是一個根據身份高低，分為上層地帶和下層地帶的階級社會，流行著使用被稱為「D輪」的摩托車型決鬥磁碟決鬥的「騎乘決鬥」。
不動遊星在新童實野市的下層地帶「衛星」中與夥伴們一起生活。因為最重要的卡「星塵龍」與Ｄ輪都被對手，騎乘決鬥之王「傑克．亞特拉斯」搶走了，為了把它搶回來，遊星選擇踏逃出衛星區之途。
再會後的遊星與傑克在決鬥競技場進行了一場騎乘決鬥。在白熱化的戰鬥展開途中，兩人的手臂突然出現了印記，最後伴隨著雙方的王牌龍互相攻擊，神秘的紅龍也隨之出現。得知此事的治安維持局長官葛德韋恩，將遊星的夥伴捉走作為人質，強迫他參加優勝者可獲得向決鬥之王－傑克挑戰的「幸運杯決鬥」大賽。在這場大賽裏被葛德韋恩吸引過來的遊星、超能力決鬥者秋、天才決鬥少女龍可、還有傑克4人、都覺醒為「紅龍的龍印者」，最後獲得優勝的遊星在與傑克的決鬥中獲得了勝利，成為了新的決鬥之王。
原來Fortune Cup是葛德韋恩為了集合龍印者所舉辦。另一方面，一群名為「闇印者」的決鬥者，也早已蠢蠢欲動，他們能夠展開會令決鬥者受到真實傷害的「黑暗決鬥」，以及使用一種叫「黑暗同步」的新戰法。遊星以建造連接衛星區和都市區的代達洛斯橋為條件，前往衛星區阻止「闇印者」的計劃。
與「闇印者」之戰半年後，連接衛星區和都市區的橋樑終於完成，彼此的界線總算消失。全市還建造了大量專為騎乘決鬥而設的高速公路，還開發了激速世界2取代以前的激速世界。然而，新的威脅卻已悄悄地來臨了......